Les demandes de garantie de l'Etat sont soumises à l'instruction d'une commission interministérielle présidée par un conseiller maître ou un conseiller référendaire à la Cour des comptes. Elle comprend un représentant du ministre chargé de l'économie, un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale et deux représentants du ministre chargé des affaires étrangères et européennes.
Un arrêté du ministre chargé de l'économie fixe la liste des opérations intéressant les établissements scolaires français à l'étranger pouvant être financées au moyen d'emprunts garantis par l'Etat et octroie la garantie de l'Etat aux emprunts réalisés pour le compte des établissements scolaires français de l'étranger par l'Association nationale des établissements français à l'étranger.