Les communes perçoivent directement les sommes leur revenant au titre de la première part de la dotation spéciale.
Les sommes afférentes à la seconde part sont attribuées, sous réserve des dispositions de l'alinéa suivant au Centre national de la fonction publique territoriale qui verse, au nom de la commune, dans les conditions fixées par décret en Conseil d'Etat et sans que cela n'entraîne de charges pour cet établissement, l'indemnité communale aux instituteurs ayants droit, sur la base du montant fixé pour chaque commune par le représentant de l'Etat dans le département et dans la limite du montant unitaire fixé sur le plan national à l'article L. 2334-28.
A compter de 2003, la dotation versée au Centre national de la fonction publique territoriale est minorée du montant du reliquat comptable de la dotation spéciale pour le logement des instituteurs du pénultième exercice.