La direction de l'hospitalisation et de l'organisation des soins comprend cinq sous-directions :
- la sous-direction de l'organisation du système de soins ;
- la sous-direction de la qualité et du fonctionnement des établissements de santé ;
- la sous-direction des affaires financières ;
- la sous-direction des ressources humaines du système de santé ;
- la sous-direction des affaires générales.
Elle comprend également une mission de l'observation, de la prospective et de la recherche clinique, une mission de la communication et une mission des conseillers généraux des établissements de santé.