La sous-direction de la qualité et du fonctionnement des établissements de santé comprend :
- le bureau des droits des usagers et du fonctionnement général des établissements de santé ;
- le bureau de la qualité et de la sécurité des soins en établissements de santé ;
- le bureau des systèmes d'information hospitaliers ;
- le bureau de l'ingénierie et des techniques hospitalières.