La sous-direction des affaires générales comprend :
- la mission chargée de la communication interne et externe ;
- la mission chargée des relations européennes et internationales ;
- le bureau des agences régionales de l'hospitalisation ;
- le bureau des affaires administratives et juridiques ;
- le bureau de la gestion des crédits d'Etat ;
- le bureau des ressources humaines et des affaires générales.