La sous-direction des affaires financières comprend :
- le bureau des études et des synthèses financières relatives aux activités de soins ;
- le bureau du financement de l'hospitalisation publique et des activités spécifiques de soins pour les personnes âgées ;
- le bureau du financement de l'hospitalisation privée ;
- le bureau de la gestion financière comptable des établissements de santé.