Voies navigables de France est administré par un conseil d'administration.
Un commissaire du Gouvernement est nommé par le ministre chargé des transports. Il peut, en cas d'absence ou d'empêchement, se faire représenter aux séances du conseil d'administration.
Le commissaire du gouvernement peut à tout moment se faire communiquer tous documents, pièces ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.
Voies navigables de France est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat.