Chaque section est dirigée par un directeur nommé pour un mandat de quatre ans, renouvelable une fois.
Le directeur désigne les membres composant chaque comité d'experts ainsi que son président.
Le directeur organise le travail de la section, notamment en ce qui concerne l'élaboration des rapports de synthèse et la proposition, le cas échéant, d'une notation établie sur la base d'une analyse multicritère au vu des rapports des comités d'évaluation. Il réunit à cet effet les présidents des comités d'experts par groupes thématiques.