Le respect des engagements prévus aux articles D. 343-4 et suivants fait l'objet, à l'initiative du préfet, de contrôles sur pièces et sur place. Ces contrôles sont effectués par les services déconcentrés de l'Etat ou l'organisme payeur agréé au titre des aides du développement rural, dans les conditions prévues par les articles 26, 27 et 28 du règlement (CE) n° 1975-2006 de la Commission du 7 décembre 2006.
En outre, au terme de la cinquième année suivant l'installation, le préfet procède au contrôle administratif du plan de développement de l'exploitation.L'engagement de tenir une comptabilité conformément au 5° de l'article D. 343-5 fait l'objet d'un contrôle systématique au terme du plan de développement de l'exploitation. Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture fixe les éléments du plan de développement de l'exploitation à vérifier lors du contrôle administratif.