Le comité fixe son règlement intérieur. Celui-ci est adopté à la majorité des deux tiers des membres du comité.
Le règlement intérieur précise notamment les modalités de traitement des saisines ainsi que les modalités d'élaboration des avis et recommandations ou de retranscription des débats permettant de garantir la confidentialité des informations mentionnées à l'article D. 251-1-7.