La demande d'agrément pour la mise en oeuvre d'organismes génétiquement modifiés dans une installation classée est transmise au Haut Conseil des biotechnologies, notamment pour déterminer le classement des organismes mis en oeuvre. Cet avis peut ne pas être demandé dans le cas des opérations relevant du ministre de la défense.L'autorité compétente dispose d'un délai de huit jours à compter de la date de l'accusé de réception du dossier complet pour transmettre la demande d'avis au Haut Conseil des biotechnologies.
Le haut conseil dispose d'un délai de quarante-cinq jours pour formuler son avis. S'il ne s'est pas prononcé dans ce délai, son avis est réputé favorable.