Le président du conseil d'administration de l'institut est choisi parmi les personnalités qualifiées membres du conseil. Il est nommé par décret pour une période de trois ans renouvelable deux fois.
L'inspecteur de l'armement mentionné au 1° du I de l'article R. 3411-7 est vice-président du conseil d'administration. Il préside les séances du conseil d'administration en l'absence du président.