L'Etablissement public d'insertion de la défense est soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé de l'emploi et du ministre chargé du budget.