Le fonctionnement financier et comptable de l'établissement est régi par les décrets n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique en ce qui concerne les établissement publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable.
Un arrêté du ministre chargé du budget et du ministre de la défense précise les modalités de ce fonctionnement.
Des régies d'avances et de recettes peuvent être instituées conformément au décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avance des organismes publics.
Le contrôle de la gestion financière de l'établissement est exercé conformément aux décrets n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat et n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat sous l'autorité du ministre chargé de l'économie, par un contrôleur d'Etat. Un arrêté du ministre chargé du budget précise les modalités de ce contrôle.