Le ministre de la défense peut faire assurer la surveillance administrative des établissements par les services des commissariats de l'armée de terre, la marine et de l'air.
En outre, l'institution est soumise aux vérifications des comptables supérieurs du Trésor et de l'inspection générale des finances, ainsi qu'au contrôle de la Cour des comptes dans les conditions précisées par les articles R. 3422-22 et R. 3422-23.