La sous-direction des libertés publiques est chargée de préparer les textes relatifs aux libertés publiques et individuelles relevant de son champ de compétences.
Elle veille à la protection des données à caractère personnel. Elle est le correspondant de la Commission nationale de l'informatique et des libertés pour l'ensemble de l'administration centrale du ministère.
Elle est chargée de l'application et de l'évolution de la législation concernant la vie associative ; elle assure le contrôle des associations et fondations reconnues d'utilité publique.
Elle suit les affaires cultuelles, notamment l'application du régime concordataire dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle.
Elle est chargée de préparer les textes législatifs et réglementaires relatifs aux questions de nationalité et aux titres d'identité et de voyage. Elle en suit l'application.
Elle prépare les décisions individuelles relevant de la compétence du ministre dans les matières ci-dessus énumérées.