Les réunions du Conseil scientifique supérieur ont lieu soit en formation plénière, soit en section, soit en sous-section, soit en groupe de sections. Des sous-sections relevant de sections différentes peuvent être appelées à siéger ensemble pour l'examen des mesures individuelles relatives à la carrière des enseignants.
Le Conseil scientifique supérieur siège en section pour l'examen des questions concernant le corps des maîtres-assistants et en sous-section des professeurs pour l'examen des questions concernant le corps des professeurs. Les demandes de modification de rattachement à une section du Conseil scientifique supérieur sont soumises aux deux sections compétentes qui transmettent leur avis au ministre qui statue.
Le Conseil scientifique supérieur examine en formation plénière, une fois par an, les rapports d'activité des différentes sections.
Les sous-sections, sections, groupes de sections et formation plénière du Conseil scientifique supérieur sont consultés en tant que de besoin par le ministre chargé de l'architecture.
Les séances ne sont pas publiques. Des personnalités peuvent être entendues en qualité d'experts.