Les unités visées à l'article 2 du décret du 31 mars 1995 susvisé sont les suivantes :
- porte-avions nucléaire Charles de Gaulle ;
- état-major de la force d'action navale ;
- école de navigation sous-marine et des bâtiments à propulsion nucléaire (ENSM/BPN) ;
- école des applications militaires de l'énergie atomique (EAMEA) ;
- centre marine de Cadarache ;
- service de soutien de la flotte (SSF) ;
- service technique mixte des chaufferies nucléaires de propulsion navale (STXN) ;
- état-major de la marine ;
- état-major des armées (division forces nucléaires) ;
- direction des systèmes d'armes de la délégation générale pour l'armement (service du programme nucléaire) ;
- formations relevant de la force maritime base navale de Toulon ;
- état-major du commandant de la région maritime Méditerranée (CECMED - division sécurité et environnement) ;
- délégation à la sûreté nucléaire de la défense (DSND) ;
- inspection des forces maritimes ;
- cabinet du ministre de la défense (cellule nucléaire) ;
- direction du personnel militaire de la marine (bureau formation).