Les montants individuels de l'indemnité de fonctions et du complément fonctionnel sont fixés chaque année par décision du ministre chargé de l'aviation civile en fonction des résultats de la procédure d'évaluation individuelle et de la manière de servir.
Le montant attribué à chaque agent est modulable dans la limite de plus ou moins 25 % du montant de référence de son grade ou emploi pour ce qui concerne l'indemnité de fonctions, et de plus ou moins 7,5 % du montant de référence mentionné à l'article précédent pour ce qui concerne le complément fonctionnel.