La commission spécialisée « évaluation, stratégie et prospective » réunit l'expertise scientifique nécessaire pour l'analyse de l'évolution de la santé de la population, l'identification des principaux déterminants de cette évolution, l'évaluation des plans et programmes de santé ainsi que l'évaluation de l'impact sur la santé des autres politiques publiques.
Les directeurs généraux de l'Institut de veille sanitaire, de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments, de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail, de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, de l'Agence de biomédecine, de l'Institut national de prévention et d'éducation à la santé, de l'Institut national de lutte contre le cancer et de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire, ou leurs représentants, sont membres de droit de cette commission spécialisée.