Dès sa formation ou son renouvellement, le conseil de surveillance se réunit sur la convocation et sous la présidence du préfet de région ou du suppléant qu'il désigne à titre permanent, cette convocation étant adressée aux membres du conseil de surveillance au moins dix jours ouvrables avant la date prévue.
Dès la première réunion du conseil, il est procédé à l'élection du président et du vice-président choisis parmi les membres du conseil. Les candidats à ces fonctions doivent, au moins trois jours ouvrables avant la séance du conseil au cours de laquelle il doit être procédé à l'élection, présenter leur candidature au commissaire du Gouvernement et lui transmettre la déclaration mentionnée à l'article R. 102-4. Faute pour les candidats d'avoir observé ces formalités, leur candidature est irrecevable. Préalablement au vote, le commissaire du Gouvernement informe le conseil de surveillance de ce qu'un candidat, s'il venait à être élu, lui paraîtrait susceptible de s'exposer, dans ses fonctions de président ou de vice-président, à l'application des dispositions de l'article 432-12 du code pénal.
Le mandat du vice-président du conseil de surveillance est de cinq ans. Le mandat du président et du vice-président du conseil de surveillance prend fin en même temps que celui des membres du conseil de surveillance nommés par arrêté. Le vice-président sortant est rééligible.
Le conseil de surveillance peut s'assurer le concours de secrétaires pris dans le personnel du grand port maritime, qui assistent aux séances sans prendre part aux délibérations.