Par dérogation à l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, l'indemnité journalière est allouée dans les conditions suivantes :
-65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission entre 0 heure et 5 heures et sur présentation du justificatif d'hébergement ;
-12, 5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission entre 12 heures et 15 heures ;
-12, 5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission entre 19 heures et 21 heures ;
-10 % pour les frais divers.
Lorsqu'un agent est logé et nourri gratuitement, les frais divers définis à l'article 17 peuvent lui être remboursés, dans la limite de 10 % de l'indemnité journalière, sur autorisation préalable de l'autorité qui autorise le déplacement et présentation des justificatifs.
Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.
Des avances peuvent être accordées aux agents qui en font la demande à hauteur de 100 % des indemnités journalières présumées dues.
Il est possible de rembourser une indemnité de nuitée en dehors de la plage horaire prévue (0 heure-5 heures) de manière exceptionnelle quand la mission le justifie et notamment pour les missions de reconduite à la frontière. Ce remboursement ne sera effectué que sur autorisation écrite de l'autorité qui ordonne le déplacement, accompagné de la facture d'hébergement.
Il est possible de rembourser des frais d'hébergement au-delà de la part de 65 % sur présentation du justificatif d'hébergement, lorsque les conditions d'hébergement sont imposées à l'administration ou à l'agent.
Les frais suivants sont considérés comme des frais supplémentaires et peuvent donner lieu à remboursement sur présentation des justificatifs de dépense : frais de délivrance de passeport ou visa, frais de vaccination et de traitement obligatoires ou recommandés par l'Institut Pasteur, taxes d'aéroport et autres taxes, frais ou impôts touchant le voyageur, frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de sa mission entre sa résidence et l'aéroport, le port ou la gare ou entre le lieu de la mission et l'aéroport, le port ou la gare (et inversement). En cas d'absence de transport en commun, les frais de taxi ou de parking dans la limite de soixante-douze heures peuvent être remboursés sur présentation des justificatifs et autorisation de l'autorité administrative.
Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'une tournée dans les départements d'outre-mer est réparti de la manière suivante : 15, 25 euros par repas, le reste pour l'hébergement.
Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'une tournée dans les collectivités d'outre-mer est égal à celui de l'indemnité de mission correspondante.
Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'un intérim outre-mer est égal à celui de l'indemnité de mission quand le poste se situe hors du département ou de la collectivité outre-mer et à celui de l'indemnité de tournée dans le cas contraire.