Les missions des sous-directions de la direction de la coopération européenne sont les suivantes :
La sous-direction des affaires générales et de l'avenir de l'Union suit le fonctionnement institutionnel de l'Union européenne et son évolution ainsi que les activités du Parlement européen et les questions relatives à la présence et aux moyens de l'influence de la France au sein de l'Union européenne. Elle concourt à l'association du Parlement, des collectivités territoriales, des partenaires sociaux et de la société civile aux processus de décision européens.
La sous-direction des affaires communautaires internes suit, en liaison avec le secrétariat général des affaires européennes, la définition et l'application des politiques communautaires.
La sous-direction des relations extérieures de la Communauté suit, en liaison avec le secrétariat général des affaires européennes, les relations extérieures de la Communauté européenne avec les Etats qui n'en sont pas membres et les organisations internationales.
Les sous-directions de l'Europe occidentale et nordique, de l'Europe centrale et de l'Europe méridionale suivent les questions politiques, économiques et sociales internes, la conduite des relations internationales et les relations bilatérales, avec la France, des Etats de leur zone géographique respective.