Les missions des sous-directions et mission de la direction des affaires économiques et financières sont les suivantes :
La sous-direction des questions industrielles et des exportations sensibles traite des questions de coopération industrielle et des questions relatives aux exportations de produits ou de technologie déclarées sensibles ou stratégiques.
La sous-direction des affaires financières internationales suit l'évolution de la situation économique, financière et monétaire internationale en liaison avec les administrations concernées. Elle suit les travaux des institutions financières internationales. Elle est associée à la préparation et au suivi des décisions du comité interministériel pour la coopération internationale et le développement.
La sous-direction de l'environnement négocie, en liaison avec les autres ministères concernés, les accords sur la protection de l'environnement et les règles qui s'y rapportent. Elle coordonne, au sein du ministère des affaires étrangères, le suivi des questions liées à l'environnement mondial.
La sous-direction de l'énergie, des transports et des infrastructures négocie, en liaison avec les autres ministères concernés, les accords dans les domaines de l'énergie, des transports, des matières premières et des nouvelles technologies. Elle suit l'évolution du contexte international dans ces domaines.
La mission Entreprises anime et coordonne les relations du ministère des affaires étrangères avec les entreprises.