Les missions des sous-directions de la direction de la coopération européenne sont les suivantes :
La sous-direction des affaires communautaires internes suit, en liaison avec le secrétariat général du comité interministériel pour les questions de coopération économique et européenne, la définition et l'application des politiques communautaires.
La sous-direction des relations extérieures de la Communauté suit, en liaison avec le secrétariat général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne, les relations extérieures de la Communauté européenne avec les Etats qui n'en sont pas membres et les organisations internationales.
Les sous-directions de l'Europe occidentale et nordique, de l'Europe centrale et de l'Europe méridionale suivent les questions politiques, économiques et sociales internes, la conduite des relations internationales et les relations bilatérales avec la France, des Etats de leur zone géographique respective.