Le conseil de déontologie médicale des armées est présidé par l'inspecteur général du service de santé des armées et comprend les inspecteurs du service de santé pour les trois armées et la gendarmerie nationale ainsi que les inspecteurs techniques du service de santé des armées relevant du statut particulier des praticiens des armées.
Le ministre de la défense peut décider de lui adjoindre avec voix délibérative, en fonction du sujet à traiter, de la question posée ou du fait à qualifier, un ou plusieurs membres appartenant ou non au service de santé des armées.
Le conseil peut entendre, à titre consultatif, toute personne susceptible de l'éclairer dans ses délibérations.