La commission consultative paritaire est présidée par le directeur auprès duquel elle est instituée ou son représentant.
La commission élabore son propre règlement intérieur, qui doit être soumis à l'approbation du ministre de l'économie, des finances et de l'emploi.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.