La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion assurée selon les règles du droit privé, sauf si les parties contractantes ont fait le choix, dans la convention constitutive, de la gestion publique ou si le groupement d'intérêt public est exclusivement constitué de personnes morales de droit public français.
Dans le cas où les règles de droit privé ne sont pas retenues, les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique sont applicables. Dans ce cas, l'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.