La C.R.P.C.E.N. ouvre dans ses écritures les six comptes généraux suivants :
1° Un compte "maladie, maternité, invalidité, décès" ;
2° Un compte "vieillesse, réversion" ;
3° Un compte "action sanitaire et sociale" ;
4° Un compte "frais d'administration et de gestion" ;
5° Un compte de gestion immobilière ;
6° Un compte " prévention" ;
Un arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale fixe annuellement la répartition des ressources de la C.R.P.C.E.N. entre ces six comptes.
Les dons et legs sont affectés au compte action sanitaire et sociale.
Les opérations de recettes et de dépenses relatives aux départements du Haut-Rhin, du Bas-Rhin et de la Moselle font l'objet d'une comptabilisation distincte.