Tout titulaire d'une licence de patron-pilote est tenu de faire parvenir au préfet des Bouches-du-Rhône ou son représentant, lorsqu'il demande le renouvellement de sa licence, un relevé des voyages qu'il a effectués au cours de l'année précédente en précisant les trajets suivis et les caractéristiques des bateaux, convois et autres engins fluviaux qu'il a pilotés ainsi qu'un certificat délivré depuis moins de trois mois par un médecin des gens de mer attestant que l'intéressé remplit les conditions physiques visées à l'article 6-3 du décret n° 70-207 du 9 mars 1970. L'absence de transmission annuelle du certificat médical entraîne le rejet de la demande de renouvellement de la licence de patron-pilote.
Un minimum de cinq voyages aller ou retour est requis pour ce renouvellement.