La commission se réunit en formation plénière, tous collèges confondus, au moins une fois par an, sur convocation de son président, à son initiative ou, dans le délai maximum de deux mois, sur demande écrite de la moitié au moins des représentants titulaires du personnel.
Pour délibérer valablement, les deux tiers des membres de la commission doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion. Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.
La commission émet un avis à la majorité de ses membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.