Une seule fédération réunit les associations agréées des départements de Paris, des Hauts-de-Seine, de la Seine-Saint-Denis et du Val-de-Marne. De même, une seule fédération réunit les associations agréées des départements de la Corse-du-Sud et de la Haute-Corse. A l'égard de ces fédérations interdépartementales, les attributions dévolues au préfet du département sont exercées par le préfet de région, après consultation des préfets des départements intéressés.
Toutes les dispositions relatives aux fédérations départementales sont applicables à ces fédérations interdépartementales.