Le Comité de lutte contre la grippe se réunit au moins six fois par an, sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Si les circonstances le justifient, le directeur général de la santé ou le président du comité peuvent convoquer les membres en urgence.
Le secrétariat est assuré par le service de la direction générale de la santé en charge de l'expertise sur la grippe.
Le Comité de lutte contre la grippe adopte un règlement intérieur précisant les règles de fonctionnement de cette instance, y compris les modalités de désignation d'un vice-président en cas d'indisponibilité du président.