L'université de Polynésie française est administrée par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique. La deuxième phrase du premier alinéa de l'article L. 719-1 n'est pas applicable aux représentants des enseignants-chercheurs et personnels assimilés.
Le conseil d'administration exerce les compétences dévolues aux conseils institués par les articles L. 712-3 et L. 712-6. Il comprend au plus trente membres répartis dans les conditions fixées à l'article L. 712-3. Le vice-président étudiant prévu à l'article L. 712-6 est élu par le conseil d'administration en son sein. Le haut-commissaire et le vice-recteur de la Polynésie française assistent aux séances du conseil d'administration. Le représentant du ministre chargé de l'outre-mer peut y assister en tant que de besoin.
Le conseil scientifique, qui exerce les compétences prévues à l'article L. 712-5, comprend de vingt à trente membres ainsi répartis :
1° De 60 à 70 % de représentants des personnels. Le nombre de sièges est attribué pour la moitié au moins aux professeurs et aux personnels qui sont habilités à diriger des recherches ;
2° De 10 à 20 % de représentants des doctorants inscrits en formation initiale ou continue ;
3° De 20 à 30 % de personnalités extérieures.
Les conseils des composantes de l'université prévus aux articles L. 713-3 et L. 713-9 comprennent au plus vingt membres répartis dans les conditions fixées par ces articles.
Au sein des différents conseils de l'établissement peuvent siéger, au titre des personnalités désignées par ces conseils à titre personnel, des représentants de la Polynésie française, des activités économiques, des organismes et institutions scientifiques et culturels ainsi que des enseignants des établissements d'enseignement supérieur et de recherche de la zone Pacifique Sud.
Les catégories de personnalités extérieures appelées à siéger dans les conseils ainsi que le nombre de sièges qui leur sont attribués sont déterminés par les statuts. Toutefois, dans les conseils d'administration siègent trois représentants de la Polynésie française et un représentant du territoire de Wallis-et-Futuna, les autres catégories de personnalités extérieures disposant d'au moins un représentant.