Le chef du parquet est le chef de l'administration de la juridiction des forces armées à laquelle il est affecté. Responsable du fonctionnement de celle-ci, il exerce son autorité sur le personnel du greffe et assure sous le contrôle du ministère de la défense la gestion des dépenses de fonctionnement courant de la juridiction. Dans le cadre de ces attributions, il vise les pièces administratives, les expéditions et les extraits délivrés aux requérants, procède ou fait procéder à toutes vérifications d'écriture et au recensement du matériel.
En cas d'absence, ses attributions sont dévolues au magistrat affecté au service du parquet ou de l'instruction le plus ancien dans le grade le plus élevé.