En vue de coordonner les actions des associations agréées, leur sont applicables les décisions de la fédération départementale relatives à la protection des milieux aquatiques et à la mise en valeur piscicole. Ces décisions peuvent toutefois être déférées au préfet, qui statue après avis de la Fédération nationale de la pêche et de protection du milieu aquatique.
Lorsque la Fédération départementale a élaboré un plan de protection du milieu aquatique et de gestion des ressources piscicoles, les plans de gestion établis par les associations agréées en application de l'article L. 433-3 doivent être compatibles avec celui-ci.
Le préfet veille à l'utilisation des ressources de la fédération départementale aux fins prévues par la loi ainsi qu'à l'exécution des obligations statutaires. La comptabilité de la fédération lui est communiquée.