Le secrétaire général, haut fonctionnaire de défense, assiste le ministre de l'intérieur pour l'administration du ministère.
A cette fin, il coordonne l'action de l'ensemble des services et assure leur évaluation. Il propose au ministre la répartition entre eux des moyens. Il prépare et exécute le budget du ministère.
Il conduit les réflexions stratégiques du ministère, propose ses évolutions et met en oeuvre la politique de modernisation.
Il élabore et propose les principes généraux de gestion des ressources humaines.
Il anime l'action territoriale du ministère, à l'exception de celle relevant de la direction générale de la police nationale.
Il est chargé des affaires politiques et des cultes.
Il dirige les activités des directions et services suivants :
a) La direction de la modernisation et de l'action territoriale ;
b) La direction des ressources humaines ;
c) La direction de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières ;
d) La direction des systèmes d'information et de communication ;
e) La direction de la planification de sécurité nationale ;
f) La délégation à l'information et à la communication.
Pour l'exercice de ses missions de défense, le secrétaire général est assisté d'un haut fonctionnaire de défense adjoint, directeur de la planification de sécurité nationale.