La sous-direction de l'organisation et du fonctionnement des services déconcentrés comprend cinq bureaux et deux missions :
― le bureau du budget, de la comptabilité et des finances ;
― le bureau de l'organisation des services ;
― le bureau des affaires immobilières ;
― le bureau des systèmes d'information ;
― le bureau de l'évaluation, du contrôle de gestion et des achats ;
― la mission pour la gestion déléguée des établissements pénitentiaires ;
― la mission de coordination pour l'ouverture des nouveaux établissements.