La sous-direction de la justice pénale spécialisée élabore les projets de loi, de décret et d'arrêté en matière économique, sociale, d'environnement et de santé publique et ceux relatifs à l'entraide judiciaire pénale internationale et à la lutte contre la criminalité organisée et le terrorisme.
Dans son domaine de compétence, elle concourt à l'élaboration du droit européen et international et veille à la transposition et à l'application dans l'ordre interne des conventions internationales. Elle élabore, organise et met en application les politiques pénales conduites par le ministère de la justice. Elle est chargée de l'animation et de la coordination de leur mise en œuvre et collabore à l'action du pôle d'évaluation des politiques pénales.
Elle assure le suivi de l'action publique ainsi que la mise en œuvre de l'entraide judiciaire pénale internationale.
Elle assiste les juridictions en procédant, à leur demande, à toutes recherches documentaires ou jurisprudentielles, ou en émettant tout avis technique ou juridique relevant de son domaine de compétence.