Le département des affaires contentieuses traite les procédures contentieuses et les règlements transactionnels pour le compte des directions du ministère. Il assure la représentation du garde des sceaux devant les juridictions et apporte son expertise juridique aux directions et services rattachés au ministère. Il est chargé du contentieux des droits de l'homme.
Il établit, pour le compte du ministère, un tableau de suivi des provisions pour litiges dont il évalue les montants.
Il est le correspondant, pour les domaines relevant de sa compétence, du secrétariat général du Gouvernement, de l'agent judiciaire du Trésor, du ministère des affaires étrangères et européennes et de la commission d'accès aux documents administratifs.
Le département des affaires contentieuses est constitué de trois pôles :
― le pôle du contentieux suivi devant les juridictions administratives ;
― le pôle du contentieux suivi devant les juridictions judiciaires ;
― le pôle du contentieux suivi devant les juridictions européennes.