Le secrétaire général dirige les activités des directions et de la délégation suivantes :
1. La direction de la modernisation et de l'action territoriale ;
2. La direction des ressources humaines ;
3. La direction de l'évaluation de la performance, et des affaires financières et immobilières ;
4. La direction des systèmes d'information et de communication ;
5. La direction de la planification de sécurité nationale ;
6. La délégation à l'information et à la communication.
Il dispose, pour l'exercice de ses missions de modernisation du ministère et de coordination des services, de la délégation à la prospective et à la stratégie et de la délégation aux affaires internationales et européennes.