Le service du haut fonctionnaire de défense assiste au titre de ses fonctions de haut fonctionnaire de défense le directeur de la défense et de la sécurité civiles dans la mission qui lui est confiée par l'article 2 du décret du 2 octobre 1985 susvisé.
Il anime la planification de défense et veille à sa diffusion et à son appropriation au sein du ministère et de ses établissements publics. Il s'assure de l'application des procédures de protection du secret de défense. Il définit la politique de sécurité des systèmes d'information du ministère. Dans ce domaine, il est chargé de l'analyse des risques, de la veille et de l'alerte sur les événements de sécurité ainsi que de la spécification et du contrôle des dispositifs de protection.
Il est pour le ministère de l'intérieur l'interlocuteur du secrétaire général de la défense nationale et des hauts fonctionnaires de défense.