La direction des affaires maritimes comprend :
― la sous-direction de la sécurité maritime ;
― la sous-direction des gens de mer et de l'enseignement maritime ;
― la sous-direction des activités maritimes ;
― la sous-direction des systèmes d'information maritimes ;
― la mission de la flotte de commerce ;
― la mission de la navigation de plaisance et des loisirs nautiques ;
― l'ensemble « écoles ― centre de formation et de documentation des affaires maritimes ».
En outre, lui est rattaché le service de santé des gens de mer.
La direction des affaires maritimes s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du centre d'études techniques maritimes et fluviales.