Le Conseil général de l'environnement et du développement durable se réunit en assemblée, en formation d'autorité environnementale, en comité permanent, en sections, en commission permanente des ressources naturelles ou en commissions spéciales.
La formation d'autorité environnementale est composée du vice-président du Conseil général de l'environnement et du développement durable, du vice-président délégué à l'autorité environnementale et de membres, permanents ou associés, désignés par le ministre chargé de l'environnement en raison de leurs compétences en matière d'environnement, sur proposition du vice-président formulée après concertation avec le commissaire général au développement durable et avis du bureau. Elle est présidée par le vice-président ou, à défaut, par le vice-président délégué à l'autorité environnementale. Sauf circonstances exceptionnelles, l'effectif des membres associés est au plus égal au tiers de l'effectif des membres de cette formation.
Le comité permanent est composé du vice-président, du vice-président délégué à l'autorité environnementale, des présidents de section, du président de la commission permanente des ressources naturelles, des membres permanents auxquels le ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire confie une responsabilité d'animation et de coordination en application de l'article 8 et d'autres membres désignés par le vice-président, après avis du bureau. Son effectif est au plus égal au tiers des membres permanents. Il délibère notamment des orientations et des méthodes de l'inspection générale et adopte la charte de déontologie du conseil et son rapport annuel.
Le ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire fixe le nombre des sections du Conseil général de l'environnement et du développement durable et définit leur domaine de compétence sur la proposition du vice-président formulée après avis du bureau. Après consultation du bureau, le vice-président répartit les membres permanents entre les sections et la commission permanente des ressources naturelles.
La commission permanente des ressources naturelles est compétente en matière de gestion durable des ressources naturelles et notamment de la ressource en eau, de patrimoine naturel et de diversité biologique, de qualité des milieux aquatiques et de lutte contre la pollution de l'air, de l'eau et des sols et contre les nuisances. Son président est désigné parmi ses membres par le ministre de l'écologie, de l'énergie, du développement durable et de l'aménagement du territoire.
Les commissions spéciales sont formées par le vice-président après consultation du bureau. Elles sont présidées par un membre permanent désigné par lui dans les mêmes conditions.