La mission des affaires générales est chargée d'assurer la gestion des moyens de fonctionnement de la direction, le suivi des relations avec le personnel et la gestion administrative de proximité des agents. Elle assure l'interface avec les services du secrétariat général pour les fonctions mutualisées. Elle participe à la définition des besoins des personnels en matière de formation continue, assure la représentation de la direction dans les instances paritaires du ministère et coordonne les réponses aux interventions des élus.