La sous-direction de l'enseignement supérieur et de la recherche est chargée des pôles de compétences, de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Elle est chargée d'impulser et de coordonner la politique de contractualisation avec les pôles de compétences et d'animer les missions de recherche des établissements et des pôles de compétences.
Elle assure la cotutelle de l'Institut national de la recherche agronomique (INRA) et du Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF). Elle participe au conseil d'administration du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD) et de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA).
Elle prépare et suit les évaluations en relation avec l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES).
Elle conduit les politiques relatives à l'ensemble des formations postérieures au baccalauréat, en liaison avec le ministère chargé de l'enseignement supérieur. Elle veille à leur cohérence dans une perspective nationale, européenne et internationale. Elle est chargée de la définition, de la mise en œuvre et du suivi des politiques de recherche dans les pôles de compétences.
Elle exerce la tutelle sur les établissements publics d'enseignement supérieur et les prérogatives du ministère chargé de l'agriculture à l'égard des établissements d'enseignement supérieur privés.
Elle prépare les textes statutaires des établissements publics d'enseignement supérieur.
Elle prépare et met en œuvre la politique de contractualisation entre l'Etat et les établissements d'enseignement supérieur.
Elle détermine les besoins en personnels de l'ensemble des établissements.
Elle participe à la préparation des textes statutaires des personnels.
Elle coordonne la définition et l'actualisation des référentiels conduisant aux diplômes.
Elle veille à la mise en œuvre de la délivrance des diplômes.
Elle prépare la réglementation relative au contrôle du recrutement des étudiants dans les établissements publics.
La sous-direction de l'enseignement supérieur et de la recherche comprend :
― le bureau des pôles de compétences et de la recherche ;
― le bureau des formations de l'enseignement supérieur ;
― le bureau des établissements et des contrats.