Les dépenses de l'établissement sont réglées par l'agent comptable au vu de l'acceptation des dépenses par l'ordonnateur. L'acceptation est matérialisée, quel que soit le support, sous forme d'une mention datée et signée apposée sur le mémoire, la facture ou toute autre pièce en tenant lieu, ou sous forme d'un certificat séparé d'exécution de service, l'un ou l'autre précisant que le règlement peut être valablement opéré pour la somme indiquée.
Les ordres de recouvrement sont transmis par l'ordonnateur à l'agent comptable, quel qu'en soit le support.
Le contrôle des dépenses exercé par l'agent comptable en application de l'article 12 du décret du 29 décembre 1962 susvisé est adapté et proportionné aux risques liés au montant et à la nature de la dépense. Les modalités de la mise en œuvre de ces procédures sont déterminées par l'agent comptable après information du président ou du directeur de l'établissement.