Le compte financier de l'établissement est établi à la fin de l'exercice. Le compte financier comprend la balance définitive des comptes, le développement des résultats de l'exercice, le bilan, l'annexe, le tableau de la capacité de financement, le développement des dépenses et des recettes budgétaires de l'établissement, des comptes rendus budgétaires, les restes à réaliser sur les contrats de recherche et la balance des comptes des valeurs inactives.
Les comptes rendus budgétaires du budget principal, du budget annexe et de chaque état prévisionnel des recettes et des dépenses comprennent le développement des dépenses et des recettes budgétaires présenté suivant la même nomenclature de prévision permettant de rapprocher les prévisions budgétaires des réalisations, le développement détaillé par nature des dépenses budgétaires, le développement détaillé par nature des recettes budgétaires. Ils retracent la consommation des emplois en équivalents temps plein et l'exécution de la masse salariale. Chaque compte rendu budgétaire est visé par l'ordonnateur compétent qui certifie que le montant des ordres de dépenses et des ordres de recettes est conforme à ses écritures.
Les moyens de l'établissement destinés à l'activité des unités de recherche mentionnés à l'article 3 font l'objet d'un compte rendu d'exécution.
Les éléments financiers sont préparés par l'agent comptable de l'établissement avec le concours de l'ordonnateur.
Le compte financier est accompagné d'un rapport de présentation retraçant les activités de l'établissement pour l'exercice considéré s'appuyant notamment sur les résultats de la comptabilité analytique.
Le rapport annuel de performances de l'établissement, préparé par l'ordonnateur, est annexé au compte financier.
Les comptes sont réputés arrêtés à la date à laquelle l'ensemble des documents est signé et daté conjointement par l'ordonnateur et l'agent comptable.