Il est créé un conseil scientifique de l’institut ; ce conseil comprend :
Le directeur de l’institut, président ; Les membres du conseil de département des disciplines de la physique nucléaire et de la physique des particules institué en application de l’article 26 du décret du 24 novembre 1982 susvisé ;
Douze membres élus en leur sein par les sections du Comité national de la recherche scientifique compétentes pour la physique nucléaire et la physique des particules, dont au moins huit parmi les membres élus de ces sections. Le directeur général du Centre national de la recherche scientifique fixe le nombre de membres à élire par chacune de ces sections ;
Six membres élus en leur sein par les sections du Comité national de la recherche scientifique les plus intéressées par l’activité de l’institut, autres que les sections compétentes pour la physique nucléaire et la physique des particules, et dont la liste est fixée par le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ;
Douze membres, français ou étrangers, choisis en raison de leur compétence dans le domaine de la physique nucléaire et de la physique des particules, nommés par arrêté du ministre chargé de la recherche.
Deux de ces membres, choisis au sein du conseil supérieur des universités, sont nommés sur proposition du ministre de l’éducation nationale. Les dix autres membres sont nommés après avis du directeur général du Centre national de la recherche scientifique ; six d'entre eux sont choisis parmi les directeurs d'unité relevant de l’institut, après avis du conseil scientifique du Centre national de la recherche scientifique.
Le conseil scientifique de l’institut est renouvelé tous les quatre ans après renouvellement du Comité national de la recherche scientifique. Le mandat des membres du conseil scientifique cesse avant ce terme lorsque les intéressés perdent la qualité en raison de laquelle ils ont été élus ou nommés. Il est pourvu à leur remplacement pour la durée du mandat initial restant à courir.
Le conseil scientifique se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président. Les directeurs adjoints scientifiques assistent aux réunions avec voix consultative.