Dès la clôture du scrutin, le bureau de vote constate le nombre de votants à partir des émargements portés sur la liste électorale. Si le nombre de votants est égal ou supérieur à 50 % des électeurs inscrits, il est procédé au dépouillement des votes.
Le bureau de vote comptabilise l'ensemble des votes, hormis :
― les bulletins blancs ;
― les bulletins désignant une organisation syndicale qui ne figure pas sur la liste arrêtée par le directeur régional des douanes ;
― les bulletins trouvés sans enveloppe ou dans une enveloppe non réglementaire ;
― les bulletins multiples trouvés dans une même enveloppe et concernant des organisations syndicales différentes ;
― les bulletins raturés, déchirés ou les enveloppes présentant des indications ou des signes de reconnaissance ;
― les enveloppes sans bulletin.
Le bureau de vote établit un procès-verbal des opérations électorales sur lequel il porte le nombre d'inscrits, de votants, de suffrages valablement exprimés, de votes blancs ou nuls et de voix obtenues par chaque organisation syndicale en présence. Y sont annexés les bulletins blancs ou nuls ainsi que les enveloppes qui ont été mises à part sans être ouvertes en application des dispositions de l'article 12.
Le bureau de vote procède, sur la base du procès-verbal des opérations électorales, à la répartition des sièges entre les organisations syndicales candidates, selon la règle de la représentation proportionnelle à la plus forte moyenne.
Dans le cas où deux organisations syndicales candidates obtiennent la même moyenne, et qu'il ne reste qu'un siège à pourvoir, ce siège est attribué à celle des deux organisations syndicales qui a obtenu le plus grand nombre de voix. Si les deux organisations syndicales ont obtenu le même nombre de voix, le siège est attribué par tirage au sort.